Ночной агент начинается с самого обычного дежурства. Агент Питер Сазерленд, человек, чья работа часто сводится к монотонным ночным сменам, получает звонок. На другом конце провода — напуганная женщина по имени Роуз, которая уверена, что её жизни угрожает смертельная опасность. С этого момента тихая служба Питера заканчивается навсегда.

Его попытка помочь запускает цепь событий, которые оказываются лишь верхушкой айсберга. Вместо локального происшествия Питер и Роуз обнаруживают себя в центре головоломки, куда более масштабной и опасной, чем можно было предположить. Им приходится полагаться друг на друга, хотя они едва знакомы, потому что теперь за ними самими начинается охота.

Сериал строится на этом неожиданном тандеме. По сути, это история о двух невольных союзниках, которые пытаются опередить могущественных врагов, пока не стало слишком поздно. Здесь нет места громким словам о спасении мира, только бег по темным улицам, поиск правды и попытка выжить, когда каждый новый шаг может оказаться ловушкой.